花椒幼树定植后，就进入到了生长期，病虫害不分花椒树是幼苗还是生长中的大花椒树，只要是条件适宜，病虫害都会进行对花椒树产生危害的，一般花椒树上常见的病虫害有蚜虫，红蜘蛛，食心虫，凤蝶，蚧壳虫，蜗牛，天牛，蝇蛆，蚂蚁等。常见的病害一般有，花椒炭疽病，花椒叶斑病，花椒锈病等。花椒树那么多的病虫害，主要应以预防为主，比如花椒蚜虫，一般蚜虫常发生在花椒树萌芽后，蚜虫聚集在幼嫩的枝芽部位吸食汁液，一般从4月至6月份发生的比较严重，6月份之后蚜虫大多出现有翅蚜，进行迁飞危害，大约在10~11月又回迁至花椒树进行危害，造成花椒树出现煤污病，严重影响花椒树叶的光合作用，被害的叶片容易出现卷曲甚至掉落，花椒树缺乏足够的光和营养，从而引起落花落果的现象出现，对花椒树的产量质量均有很大的危害。
在发生蚜虫的两个时间段，同时还容易出现红蜘蛛的危害。一般防治蚜虫与红蜘蛛可采用2000倍液阿维哒螨灵+1000倍液吡虫啉或者是2000倍液噻虫嗪+有机硅农药增效剂，对红蜘蛛，蚜虫防治有较好的效果。
花椒食心虫发生猖獗的话，可使花椒减产达到一半以上。花椒凤蝶也是危害花椒树比较严重的害虫之一。一般在4月中旬前后开始，进行喷洒300倍液苏云金杆菌，或者是20%氯虫苯甲酰胺，对花椒树均匀喷洒。一般每10~15天，喷洒一次，核对花椒树食心虫，凤蝶等害虫，有很好的防治效果。蚧壳虫在花椒树上每年可发生三代以上，在防治上可采用1000倍液噻嗪酮进行全面喷洒。
蜗牛的危害，蜗牛虽然爬行很慢，但在树上面不断的啃食幼嫩的叶片，蜗牛不是昆虫，一般杀虫剂对其无效，常采用四氯乙醛颗粒剂，在蜗牛上树之前均匀撒在树周围，或者用蜗牛净等进行撒施防治，有很好的防治效果。
花椒树锈病，在多阴雨的天气环境中，容易出现，病斑一开始并不破裂，有褪绿色斑点，斑点成熟破裂后，有铁锈色粉末出现，叶片表面被铁锈色粉末侵占之后，会严重影响花椒树的光合作用，在发病初期可使用20%三唑酮1000倍液，进行整树喷洒，可起到良好的防治效果。花椒树叶斑病一般采用中生菌素1000倍液进行喷洒，花椒炭疽病，可引起花椒变为黑色，专门危害花椒的果实，对叶片也有危害，在高温高湿的气象条件到来之前，进行全面喷洒800倍液咪鲜胺+800倍液甲基托布津+1000倍液百菌清可湿性粉剂等，可有较好的效果。
